A.クレジットカードの変更機能自体はShopify 側の機能となりますが、Shopify によるとクレジットカードを変更するには、以下の要件を満たしている必要があるとのことです。

クレジットカード変更時に必要な要件

後払いのクレジットカードである必要があります。（前払いのカードはサポートされていません）
提携クレジット/デビットカードの場合は、当社（Shopify）が受け入れるクレジットカードタイプ（Visa、Mastercard、Amex）と提携している必要があります。
Visa、Mastercard、またはAmexである必要があります。
米ドルでの請求を受け入れることができる必要があります。
オンラインで購入できる必要があります。
定期的な請求を受け入れることができる必要があります。
適切な資金が利用可能である必要があります。
銀行（クレジットカード会社）に登録されているものと同じ請求先住所と詳細を入力する必要があります
銀行（クレジットカード会社）が一度に処理できる量に制限を設けてはなりません。

そのため、クレジットカード変更時に変更できない原因について上記いずれかの要件を満たしていないことが理由となります。

また、顧客の決済方法ごとにどの要件を満たしていないため変更できないかについては、アプリ側では決済情報を保有しておらず、Shopifyにて行っているため、各契約ごとの原因を特定する必要がありましたら、Shopifyサポートにお問い合わせください。

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